Wenn die Partition E auf der selben physikalischen Festplatte ist wie C, ist es kein Problem.
Ansonsten, wenn C und E zwei verschiedene Datenträger sind geht das natürlich nicht.
Eine Partition löschen kannst du in der Datenträgerverwaltung
Unter Windows 7/8: Systemsteuerung\System und Sicherheit\Verwaltung
Dann auf Computerverwaltung und in dem neuen Fenster dann auf "Datenträerverwaltung" klicken.
Dann einfach ein Rechtsklick auf die leere Partition und auf "Volumen löschen" klicken. Dann wird der balken da schwarz. Und nun machst du ein Rechtsklick auf die Partition, bei der du die Kapazität erweitern willst und klickst dann auf "Volumen erweitern". Klickst dich dann immer weiter und schon bist du fertig.
Den Inhalt, der auf der "alten" Partition dann ist kannst du dann einfach während der Installation von Windows löschen.
Der Inhalt auf Partition "E" wird bei der Zusammenführung von Partitionen nicht gelöscht. Allerdings weiß ich nicht, ob Windows einen "leeren" Datenträger bei der Installation verlangt.
Ansonsten solltest du dich später nicht davon irretieren lassen, dass später die Laufwerksbuchstaben vertauscht sind, denn die Windows-Partition hat immer den Buchstaben C