Du kannst mit editoren eine Map erstellen, da musst du dir einfach den gewünschten seed suchen und gibst ihm dem editpr/generator, der erstellt dir dann ne Map wie du sie gerne hättest .
Guck mal Hier da sind einge generatoren und editoren, vielleicht findest du ja das was du brauchst.
Im Grunde ist es aber nicht möglich zwei verschiedene seeds in einer Welt zu erzeugen, eine Map ist immer auf einem Seed aufgebaut, dieser Seed generiert die Welt immer weiter. Vielleicht gibt es Mods die 2 verschiedene Seeds in einer Map erlauben, darauf würde ich persönlich nicht vertrauen, mods sind dafür bekannt das sie deine komplette Map unbrauchbar machen können, riskieren würde ich es nicht.
Es gibt aber noch andere möglichkeiten .
Du erstellst mit einem generator deine normale welt ( achte darauf das du sie als creative oder survival erstellst ! ) und erstellst eine Superflat welt, mit einem multiverse plugin kannst du dann beide auf deinem Server haben, allerdings sind die beiden nicht miteinander verbunden, es ist dann eher wie Normale Welt und Nether oder End World.
Oder du erstellst dir eine normale map mit z.B. MCEdit und suchst dir ne Fläche aus die du selbst mit MCEdit zu Superflat machst. Also das was du mit worledit auf dem Server machst machst du halt mit MCEdit. Je nachdem wie groß der superflat teil ist würde ich dir MCEdit empfehlen, manchmal passiert es das WorldEdit für riesige flächen nicht mehr ausreicht, der Server crasht und Chunks zerstört werden und deine map somit unbrauchbar ist, also mach den Superflat teil mit MCEdit, dauert zwar etwas länger weil dein PC das erstmal rendern muss, aber du bist auf der sicheren seite.